第2部の根拠となる実証解析データ
[参考データ ③] 本規程にEならびにAで示した手技を用いて採取・保管した組織検体におけるトランスクリプトーム解析例
- 腎淡明細胞癌68症例の腎摘除術標本の癌部・非癌部より採取し液体窒素中に保管した検体において、mRNA-Seq Sample Prep KitあるいはTruSeq RNA Sample Prep Kit (Illumina)により、次世代シークエンサ HiSeq 2000 platform (Illumina)を用いてRNA-シークエンシングを行った。
- 陽性対照としたXp11転座型腎細胞癌において、既に報告されているTFE3を含むキメラトランスクリプトが確かに確認され、加えて新規のキメラトランスクリプトも検出された。
- 腎淡明細胞癌68症例において、合計26個の新規キメラ転写物を同定し、ゲノムブレイクポイントを確認して、キメラ転写物生成の臨床病理学的意義を明らかにした。
- 本規程にEならびにAで示した手技を用いて採取・保管した組織検体を用い、信頼性の高い解析を実施することができ、また新規知見を得ることが出来る。
(Gene Chrom Cancer 53: 1018, 2014)